大山包歷史上就是黑頸鶴的越冬棲息地，當(dāng)?shù)厝罕妼⒑陬i鶴視為“神鳥(niǎo)”，有自覺(jué)保護(hù)黑頸鶴的傳統(tǒng)習(xí)慣。1988年12月4日，云南大學(xué)王紫江、云南省環(huán)境科學(xué)研究所仇國(guó)新等專家在大山包考察時(shí)，確認(rèn)每年到大山包越冬的大型候鳥(niǎo)（當(dāng)?shù)厮追Q雁鵝）是國(guó)家一級(jí)保護(hù)動(dòng)物黑頸鶴。

1990年1月5日，縣級(jí)昭通市人民政府發(fā)布《關(guān)于保護(hù)大山包鄉(xiāng)內(nèi)黑頸鶴的布告》，成立縣級(jí)自然保護(hù)區(qū)。

1994年3月31日，云南省人民政府批準(zhǔn)建立省級(jí)自然保護(hù)區(qū)。

2003年1月25日，經(jīng)中華人民共和國(guó)國(guó)務(wù)院辦公廳批準(zhǔn)，大山包保護(hù)區(qū)晉升為“黑頸鶴國(guó)家級(jí)自然保護(hù)區(qū)”，市政府批準(zhǔn)建立副處級(jí)保護(hù)區(qū)管理局，委托昭陽(yáng)區(qū)人民政府管理，屬于公益性參公管理事業(yè)單位，負(fù)責(zé)黑頸鶴及大山包濕地的保護(hù)管理。

2004年12月，國(guó)際濕地公約秘書局批準(zhǔn)，大山包列入“國(guó)際重要濕地”名錄，編號(hào)為“第1435號(hào)”。

2005年10月31日,中國(guó)野生動(dòng)物保護(hù)協(xié)會(huì)授予云南省昭通市昭陽(yáng)區(qū)為“中國(guó)黑頸鶴之鄉(xiāng)”。2005年7月，保護(hù)區(qū)成為東北亞鶴類網(wǎng)絡(luò)成員單位之一。

2008年，大山包加入中國(guó)自然科學(xué)博物館協(xié)會(huì)團(tuán)體會(huì)員單位。

2008年9月25日，云南省第十一屆人民代表大會(huì)常務(wù)委員會(huì)第五次會(huì)議通過(guò)，根據(jù)2018年5月30日云南省第十三屆人民代表大會(huì)常務(wù)委員會(huì)第三次會(huì)議《關(guān)于修改〈云南省昭通大山包黑頸鶴國(guó)家級(jí)自然保護(hù)區(qū)條例〉的決定》（修正），大山包走上了一區(qū)一法，依法管理的歷史軌道。

2009年，大山包加入中國(guó)科學(xué)院昆明動(dòng)物研究所野生動(dòng)物監(jiān)測(cè)站。

2011年12月，在人民日?qǐng)?bào)和濕地國(guó)際中國(guó)辦事處舉辦的最美濕地評(píng)選中，大山包濕地評(píng)選為六塊“中國(guó)最美濕地”之一。

2012年12月，大山包加入長(zhǎng)江濕地保護(hù)網(wǎng)絡(luò)成員。

2013年11月，經(jīng)云南省科技廳批準(zhǔn)，大山包成為第九批“云南省省級(jí)科學(xué)普及教育基地”。

2016年，大山包保護(hù)區(qū)管理局升格為正處級(jí)事業(yè)單位，更名為云南大山包黑頸鶴國(guó)家級(jí)自然保護(hù)區(qū)管護(hù)局。

2021年，聯(lián)合國(guó)開(kāi)發(fā)計(jì)劃署和國(guó)家林業(yè)和草原局共同啟動(dòng)了“UNDP-GEF東亞-澳大利西亞遷飛路線中國(guó)候鳥(niǎo)保護(hù)網(wǎng)絡(luò)建設(shè)項(xiàng)目”（簡(jiǎn)稱“UNDP-GEF遷飛保護(hù)網(wǎng)絡(luò)項(xiàng)目”）。該項(xiàng)目是全球環(huán)境基金（GEF）支持我國(guó)以濕地保護(hù)和候鳥(niǎo)保護(hù)為主的國(guó)際合作項(xiàng)目，示范點(diǎn)涵蓋遼寧、山東、上海和云南的四個(gè)國(guó)家級(jí)自然保護(hù)區(qū)，云南大山包黑頸鶴國(guó)家級(jí)自然保護(hù)區(qū)被列入GEF項(xiàng)目示范保護(hù)區(qū)。

2024年被阿拉善SEE東海項(xiàng)目中心授予“候鳥(niǎo)遷飛通道清潔濕地守護(hù)伙伴。”